危害食用菌的线虫有多种，如：杆型线虫是为害食用菌的主要线虫，滑刃线虫以刺吸菌丝体造成菌丝衰败，垫刃线虫此线虫在培养料中较少，但在覆土层中较普遍，为害性较轻。蘑菇受线虫侵害后，菌丝体变得稀疏，培养料下沉、变黑，发粘发臭，菌丝消失而不出菇。幼菇受害后萎缩死亡。香菇脱袋后在转色期间受害，菌筒产生“退菌”现象，最后菌筒松散而报废。银耳受害后造成鼻涕状腐烂。线虫数量庞大，每克培养料的密度可达200条以上，其排泄物是多种腐生细菌的营养。这样使得被线虫为害过的基质腐烂散发出一种腥臭味。由于虫体微小肉眼无观察到，常误认为是杂菌危害，或是高温烧菌所致。

　防治：（1）适当降低培养料内的水分和栽培场所的空气湿度，恶化线虫的生活环境，减少线虫的繁殖量，也是减少线虫为害的有效方法。（2）强化培养料和覆土材料的处理：尽量采用二次发酵，利用高温进一步杀死料土中的线虫。（3）使用清洁水浇菇：流动的河水、井水较为干净，而池塘死水，含有大量的虫卵，常导致线虫泛滥为害。（4）药剂防治：菇净中含有杀线虫的成份，按1000倍喷施能有效地杀死料中和菇体上的线虫。（5）采用轮作制：如菇稻轮作，菇菜轮作，轮换菇场等方式，都可减少线虫的发生和危害程度。