食用菌栽培的核心是灭菌彻底，也是最基础最单纯的环节。灭菌不彻底，后续生产都是徒劳无功，就会使成品率降低，甚至是全部污染。灭菌的目的无非是利用高温、高压将培养料中的微生物（含孢子）全部杀死，达到一个无菌的状态，以利于菌种在纯净的环境中顺利生长。
    灭菌常分为常压灭菌和高压灭菌两种方式，但不管是常压灭菌还是高压灭菌，都经过高温处理且灭菌前后在一定程度上破坏了培养基的营养成分，因此食用菌产业需要一种既能够实现低温灭菌、适用范围广，又能降低培养基营养损耗的灭菌新技术的问世。
   三种灭菌方式各有其优缺点和原理，并将其做简单的对比描述：
    1、 常压灭菌：
    a、适用范围：由于常压灭菌投资少，适合小规模生产者采用，不过在大规模生产中也有人采用常压灭菌，但不多。
    b、原理：通过锅炉产生强穿透力的热活蒸汽的持续释放，使内部培养基保持持续高温（100℃）来达到灭菌目的。
    常压蒸气灭菌的理论时间为4小时，实际从点火到100℃需要4-6小时，保持10小时以上，闷锅4小时，灭菌时间一般长达24小时。
    c、优缺点：能源浪费大且不环保，灭菌时间长，灭菌效果稳定性差，劳动强度大，费时费力，灭菌前后营养成分变化不大。
    2、 高压灭菌：
    a、适用范围：高压灭菌是目前大规模生产的企业常采用的方法。由于一次性投资比较大，维修费用比较高，不适于小规模生产企业使用。
    b、原理：高压灭菌锅炉产生的饱和蒸汽压力大、温度高，能够在较短时间内杀灭杂菌，是因为高温（121℃）、高压使微生物因蛋白质变性失活而达到彻底灭菌的目的。
    高压灭菌的理论时间是30分钟，但是在实际操作中往往需要4小时。
    c、优缺点：节省能源，灭菌快速，但高温使培养基营养成分（某些糖类和有机含氮化合物）易被破坏，尤其是蛋白质。
    3、 低碳灭菌：促酵剂的应用。
    a、适用范围：范围比较广，适合大中小型企业，甚至农户生产者。
    b、原理：培养料堆置发酵原理。
    c、优缺点：促酵剂具有灭菌温度低，时间短、成本低，工效高的特点，在料温70-80℃、5-7小时条件下对食用菌培养料进行灭菌。