主要几个流程包括预处理、预冻、升华、解吸、后处理等几个步骤。

真空冷冻干燥前，物料首先要进行必要的预处理，如瓜果蔬菜的挑拣漂洗、液体的浓缩等等。完成后，还需要将物料均匀分装在合适的容器内，保证物料的蒸发表面要尽量大而且厚度要尽量薄。具体的参数需要依据具体的物料特性以及冷干设备的能耗等因素而定。

随后这些准备好的物料要放入与冻干箱板层相适应的金属盘内。金属盘一般用铝板或薄不锈钢板，保证底面平整，有良好的热传递效果。这些都完成后，就要开始进入预冻阶段。

升华。预冻结束前30～50分钟左右，冻干设备中的冷阱或者说捕水器就需要开始进行降温，准备进入升华阶段。冷阱的降温通常从开始之后一直持续到冻干结束为止，温度一般在-40℃以下。这个设备有可能是内置，也有可能是外置。

当冷阱的温度低于-40℃后，真空泵开启进行抽真空作业。真空系统需要在一定的时间内将冻干箱从大气压抽至10～30Pa左右的压力，甚至更低。当真空度达到工艺所需时，就会对箱内物料进行加热，以提供水升华所需热量，开始升华。真空系统在过程中需要通过调压、充气法等控制冻干箱内的压力，使之既能保证升华的速率，同时要利于热量的传递。而加热需要保证升华温度不能超过物料的共晶点，同时要低于干燥物料的崩解温度。

升华干燥的具体时间和物料的厚度、形状以及供热的多少、水蒸气的排除快慢有关，一般都在10～30小时。升华干燥初步结束后，需要继续延长干燥0.5～1h，以彻底消除制品中的残留冰晶及制品干燥的不均衡性。

解吸。升华干燥去除的是物料中的游离水。当升华干燥结束后，就进入了解吸干燥阶段，去除物料中的结合水和吸附于干燥层中的水。这个过程中可以使产品温度迅速上升到最高许可温度，并在该温度下保持一段时间后，即可结束冻干。但由于这个阶段的水蒸气量减少，冷阱温度下降，冻干箱内压力降低，不利于传热，需要通过前面的调压、充气等方式将加速升华解吸。

解吸结束后，就是卸料，最后会通过真空包装或真空充气包装等方式，对物料进行后处理。采用真空冷冻干燥工艺处理的物料，不需低温保藏，即可长期保存不变质，且质量轻，便于长途运输。到此为止，整个工艺的流程也就全部完成了。